Los Salesianos llegaron al Perú en 1891, instalándose en el Rímac. Allí, en una propiedad de la Beneficencia Pública de Lima, establecieron primero un Oratorio (8 de diciembre de 1891) y luego una Escuela de Artes y Oficios a la que denominaron “San Francisco de Sales” (19 de marzo de 1893). Ambas instituciones, si bien no eran colegios, son consideradas el germen del nuestro, así como de toda obra educativa de los Salesianos en el país.
Aunque el Estado Peruano otorgó su aprobación para el funcionamiento de la Escuela de Artes y Oficios poco tiempo después (2 de marzo de 1896), estos primeros años fueron de mucha inestabilidad para los Salesianos: sin un local propio, y con la relación con la Beneficencia Pública de Lima cada vez más tensa, existía la posibilidad de que la misión Salesiana en el Perú fracasara.
Sin embargo el tesón del P. Antonio Riccardi, jefe de la misión y fundador de la obra salesiana en Lima, y el surgimiento de benefactores locales (como Mons. Manuel Teodoro del Valle, quien hizo una donación testamentaria en favor de los Salesianos), permitió la adquisición en 1897 de una propiedad en Breña, por aquel entonces una zona eminentemente rural ubicada en los linderos de la ciudad de Lima y considerada parte del valle de la Magdalena.